Djelatnost Laboratorija usmjerena je na mikrobiološke pretrage hrane, određivanje mikrobiološke čistoće postrojenja, namještaja, opreme, pribora i ruku radnika u proizvodnji hrane (obrisci, ispirci, otisci), mikrobiološke pretrage vode, mikrobiološke pretrage uzoraka hrane za životinje, sirovina i dodataka za njezinu proizvodnju, pregled mesa i mesnih proizvoda na prisutnost Trichinella (umjetna digestija), peludnu analizu meda, te terenska i stručno-savjetodavna djelatnost uzorkovanja hrane i obrisaka u proizvodnim i prodajnim objektima od strane djelatnika laboratorija na osnovi potpisanih ugovora s kupcima.

Također, prema Planu praćenja kakvoće mora i školjkaša na proizvodnim područjima i područjima za ponovno polaganje živih školjkaša Laboratorij i dalje provodi mikrobiološke pretrage školjkaša.
Kvaliteta rada potvrđena je uspješnom reakreditacijom Laboratorija prema zahtjevima norme HRN EN ISO/IEC 17025 od strane Hrvatske akreditacijske agencije.
Uz navedeno Laboratorij ima statuse službenosti i referentnosti Rješenjima Ministarstva poljoprivrede RH i to:

• službeni laboratorij za sedam akreditiranih metoda, kao i za 21 drugu metodu;
• referentni laboratorij za monitoring virusnih i bakterioloških zagađenja školjkaša.

Akreditirane metode su:

• Mikrobiologija hrane i hrane za životinje - Horizontalna metoda za otkrivanje Salmonella spp. (HRN EN ISO 6579:2003);
• Mikrobiologija hrane i hrane za životinje - Horizontalna metoda brojenja beta - glukuronidaza pozitivne Escherichia coli – MPN metoda uporabom 5-bromo-4-kloro-3-indolil-beta-D-glukuronida (HRS ISO/TS 16649-3:2008);
• Mikrobiologija hrane i hrane za životinje - Horizontalna metoda za brojenje mikro-organizama - Tehnika brojenja kolonija na 30˚C (HRN EN ISO 4833:2008);
• Mikrobiologija hrane i hrane za životinje - Horizontalna metoda za dokazivanje prisutnosti i brojenje Enterobacteriaceae - 2. dio: Metoda određivanja broja kolonija (HRN ISO 21528-2:2008);
• Mikrobiologija hrane i hrane za životinje - Metoda brojenja beta-glucuronidasa pozitivne Escherichia coli - 2. dio: Brojenje kolonija pri 44°C uporabom 5-bromo-4-chloro-3-indolyl beta-D-glucorinide (HRN ISO 16649-2:2001);
• Mikrobiologija hrane i hrane za životinje - Horizontalna metoda za dokazivanje i određivanje broja stanica Listeria monocytogenes - 1. dio: Metoda dokazivanja (HRN EN ISO 11290-1:1999 + HRN EN ISO 11290-1:1999/A1:2008);
• Mikrobiologija hrane i hrane za životinje - Horizontalna metoda za dokazivanje i određivanje broja stanica Listeria monocytogenes - 2 dio: Metoda brojenja (HRN EN ISO 11290-2:1999 + HRN EN ISO 11290-2:1999/A1:2008);
• Kakvoća vode - Brojenje uzgojenih mikroorganizama - Broj kolonija nacjepljivanjem na hranjivi agar (HRN EN ISO 6222:2000).

Službene metode (uz akreditirane) su:

• Dokazivanje prisutnosti Vibrio parahaemolyticus i drugih moguće enteropatogenih Vibrio spp.
• Horizontalna metoda brojanja koagulaza-pozitivnih stafilokoka (Staphylococcus aureus i druge vrste) - 1. dio Postupak primjene Baird-Parkerove hranjive podloge na agaru
• Uzorkovanje površina postupkom obrisaka i otisaka
• Brojenje sulfitreducirajućih  klostridija
• Brojenje Clostridium perfrigens
• Kvasci i plijesni u proizvodima s aW >0,95
• Kvasci i plijesni u proizvodima s aW ≤0,95
• Dokazivanje Enterococcus spp
• Dokazivanje antibiotika (Kundrat test)
• Brojanje aerobnih sporogenih bakterija
• Brojenje kolonija psihrotrofnih mikroorganizama
• Brojenje Pseudomonas spp.
• Uzorkovanje trupova za mikrobiološku analizu
• Dokazivanje Trichinella spp. (Umjetna probava)
• Dokazivanje Anisakis spp.
• Escherichia coli i koliformne bakterije - metoda dokazivanja i brojanja (MF)
• Fekalni streptokoki - metoda dokazivanja i brojenja (MF)
• Brojenje uzgojenih mikroorganizama (MF)
• Clostridium perfrigens - dokazivanje i brojenje (MF)
• Pseudomonas aeruginosa - dokazivanje (MF)
• Detekcija norovirusa: Reverzibilna transkripcija - lančanom reakcijom polimeraze ("one step" RT-PCR)

U Laboratoriju je razvijena metoda za detekciju i kvantifikaciju norovirusa GI i GII u školjkašima (primjenjivo i za drugu hranu), dok je metoda za detekciju hepatitis A virusa u školjkašima u razvoju. U Laboratoriju su uspostavljene horizontalne metode za dokazivanje prisutnosti moguće enteropatogenih Vibrio spp i to: Dokazivanje prisutnosti Vibrio parahaemolyticus i Vibrio cholerae (HRS ISO/TS 21872-1:2008) i Dokazivanje prisutnosti svih drugih vrsta osim Vibrio parahaemolyticusa i Vibrio cholerae (HRS ISO/TS 21872-2:2008), te je planirano uvođenje molekulske tehnike lančane reakcije polimerazom (PCR) za ciljne gene toxR gen, tdh i trh gene V. Parahaemolyticus, uz potporu EU referentnog laboratorija CEFAS, Weymouth, ovisno o razvoju metode i njene harmonizacije (za sada ne postoji propisana standardizirana metoda).