Početak 20. stoljeća u Hrvatskoj je obilježen napretkom veterinarske znanosti, tako da i na području Slavonije dolazi do bitnih pomaka u razvoju veterinarstva. To se očituje prije svega u uspješnijem preveniranju i suzbijanju zaraznih bolesti životinja. Dolazi do intenzivnijeg razvoja stočarstva i uzgoja produktivnijih i plemenitijih pasmina životinja koje su tražile više njege i posla. Uloga veterinara postaje time važnija.

Za uspješno suzbijanje zaraznih i nametničkih bolesti bilo je nužno imati sigurnu dijagnostiku koja nije bila moguća bez laboratorija. Sve navedeno je ponukalo veterinare Srijemske županije da iznesu prijedlog o osnivanju Veterinarskog zavoda u Vinkovcima. Tome se pridružio i kotarski veterinar Đuro Kopić. On je po stupanju na dužnost uvidio potrebu da se s obzirom na specifičnost veterinarskih i stočarskih prilika u Slavoniji osnuje Veterinarski zavod u Vinkovcima.

Nakon što je za Načelnika veterinarskog odjeljenja banske uprave imenovan prof. dr. sc. Šima Debelić, ideja je krenula u realizaciju. Tako su potkraj 1939. godine napravljeni prvi nacrti te se započelo s građevinskim radovima. Radovi su prekinuti početkom 2. svjetskog rata. Nedovršenu zgradu 1944. godine zaposjela je njemačka vojska, uredivši samo najpotrebnije i u nju smjestila svoju bolnicu, a nakon 2. svjetskog rata zgrada zavoda je kratki period bila partizanska bolnica.

Budući da je zgrada bila potpuno ispražnjena, trebalo je započeti sa njenom obnovom. Rješenjem Ministarstva poljoprivrede i šumarstva od 6. travnja 1946. prvim upraviteljem zavoda imenovan je veterinar Đuro Kopić, ali se zvaničnim početkom rada u još uvijek nedovršenom zavodu smatra 1. siječnja 1947. kada je uz Ravnatelja zavoda dr. Ivana Horvatića bio zaposlen jedan laborant i jedna službenica.

Godine 1978. djelatnici Veterinarskog zavoda Vinkovci udružuju se s Veterinarskim institutom u Zagrebu, te Veterinarskim zavodima u Križevcima, Rijeci, Splitu i Središnjim zavodom za uzgoj i razmnožavanje u Zagrebu, u radnu organizaciju Veterinarski zavodi Hrvatske Zagreb.

Svoje najteže razdoblje od osnutka Zavod započinje u ljeto 1991. kada započinje agresija na Republiku Hrvatsku. Od 14. rujna 1991. Vinkovci su sustavno i svakodnevno razarani, a civili ranjavani i ubijani. Nakon pada Vukovara, Vinkovci su ostali najistočniji grad u RH. Rad je u takvim uvjetima bio gotovo nemoguć. Djelatnici zavoda redovito su dolazili na posao, koji je bio sveden na minimum. Kontakt s poslovnim partnerima je bio sve teži. U vrijeme najžešćih napada na grad naši djelatnici uzimaju uzorke, prvenstveno vode i mesnih proizvoda iz vinkovačke klaonice i vrše laboratorijske pretrage.

Zavod prelazi na rad u tjednim smjenama, a stručnjaci zavoda koji nisu u radnoj smjeni, odlaze u HVI Zagreb, u Zavod za javno zdravstvo grada Zagreba i u Hrvatski zavod za javno zdravstvo u Zagrebu na edukaciju i upoznavanje s najnovijim dijagnostičkim metodama.

Krajem ožujka 1992. unatoč svakodnevnog granatiranja djelatnici zavoda odlaze na teren i obavljaju sve poslove koje su obavljali do agresije. Zbog teških oštećenja vinkovačke bolnice, zavod prihvaća i udomljuje njezin kompletan mikrobiološki laboratorij.

Zgrada zavoda nije direktno pogođena, ali je pretrpila znatna oštećenja zbog razbijenih stakala, pucanja vodovodnih instalacija i centralnog grijanja, što je dovelo do poplave i velikih šteta. Pa ipak, rad se polako normalizira.

Zakonom o znanstveno-istraživačkoj djelatnosti i Zakonom o ustanovama iz 1993. godine, a Rješenjem Trgovačkog suda u Zagrebu od 28. srpnja 1995. godine, osnovan je HRVATSKI VETERINARSKI INSTITUT ZAGREB.

U Institut kao jedna od podružnica ulazi i Veterinarski zavod u Vinkovcima.

Djelatnost Instituta, pa tako i Zavoda je znanstveno istraživački i dijagnostički rad u veterinarstvu.
Primarni zadatak Veterinarskog zavoda u Vinkovcima je da na epizootiološkom području kojeg čine županije Vukovarsko-srijemska, Osječko-baranjska, Brodsko-posavska, Virovitičko-podravska (bez bivše općine Virovitica) i Požeško-slavonska (bez bivše općine Pakrac) obavlja:

- terensku i laboratorijsku dijagnostiku zaraznih, parazitarnih i drugih bolesti životinja,
- ispitivanje higijenske ispravnosti i kakvoće hrane za ljude,
- ispitivanje higijenske ispravnosti i kakvoće hrane za životinje, sirovina i dodataka,
- ispitivanje zdravstvene ispravnosti vode za piće,
- ispitivanje otpadnih voda po ovlaštenju Državne uprave za vode.

Danas HVI - Podružnica Veterinarski zavod Vinkovci zapošljava 29 djelatnika koji svoje poslove obavljaju u 4 laboratorija i Općoj jedinici:

1.    Laboratorij za dijagnostiku V-1,
2.    Laboratorij za mikrobiologiju hrane za ljude i hrane za životinje V-2,
3.    Laboratorij za analitičku kemiju i rezidue V-3,
4.    Laboratorij za sterilizaciju i izradu hranilišta V-4,
5.    Opća jedinica

U zavodu je zaposleno 11 djelatnika visoke stručne spreme, od toga 6 doktora veterinarske medicine i 5 diplomiranh inženjera prehrambene tehnologije. 3 djelatnika su doktori znanosti (dr. sc.), 1 djelatnik je viši znanstveni suradnik, a još nekoliko djelatnika pohađa poslijediplomski doktorski studij.

Od 2005. godine postepeno su obnavljani i uređivani svi laboratoriji, te je nabavljana nova laboratorijska oprema. U završnoj fazi sredstvima Svjetske banke u potpunosti je uređena zgrada, a istim sredstvima nabavljena je i nova laboratorijska oprema.

Nekako u isto vrijeme počinju pripreme za akreditaciju laboratorija prema normi HRN EN ISO 17025, a od 2008. godine svi laboratoriji zavoda su akreditirani, a svake godine proširujemo područje akreditacije za nove metode, tako da Veterinarski zavod u Vinkovcima danas ima 23 akreditirane metode. 2013. godine obavljena je reakreditacija cijelog HVI-a, pa tako i Veterinarskog zavoda u Vinkovcima.

Zavod je kroz svoju povijest, pa tako i danas bio i ostao nezaobilazan čimbenik u zaštiti zdravlja životinja i zaštiti zdravlja ljudi i okoliša.