Početci rada bakteriološkog laboratorija Centra za peradarstvo vezani su za 1967. god. kada je prva veterinarka bakteriologinja započela s radom u dijagnostici bakterijskih i gljivičnih oboljenja peradi. Kako centar za peradarstvo nije imao vlastitih prostorija bakteriologinja je radila u laboratoriju “Zavoda za mikrobiologiju i zarazne bolesti”. Godine 1972 Centar organizira vlastiti bakteriološki laboratorij u čiji se rad uključuje još jedna djelatnica veterinarka koja ubrzo organizira i samostalni mikološki laboratorij.  Bakteriološki laboratorij je do 1980 god. služio prvenstveno za brzo rješavanje bolesti peradi bakteriološke etiologije, no zbog zadovoljavanja sve zahtjevnijih potreba bakteriološke dijagnostike i uvođenja novih dijagnostičkih metoda 1982 god. u njegov rad  uključuje se još jedna veterinarka, a kasnije i laborantica. Tijekom 25 godišnjeg rada, laboratorij je sustavno pratio i obavljao dijagnostiku bakterijskih bolesti koje u patologiji peradi imaju veliko značenje.
Danas  laboratorij, osim rutinske dijagnostike, obavlja posao nacionalnog referentnog laboratorija za salmonele. Zbog znatnog porasta infekcija  nespecifičnim invazivnim serovarovima salmonela u posljednjih 15-ak godina -  S. typhimurium  i posebice  S. enteritidis u peradi sačinjen je i program nadzora, suzbijanja i preventivnih mjera kako bi se infekcije salmonelama svele na najmanju moguću mjeru i držale pod kontrolom te zaštitilo zdravlje ljudi. Brzina i kvaliteta dijagnostike u laboratoriju poboljšana je  uvođenjem ATB identifikacijskog sistema kojim se automatski nakon 4 ili 24 sata inkubacije mogu identificirati bakterije. Cilj najnovijih istraživanja bakteriologa u svijetu danas utvrđivanje je fenotipskih i genotipskih značajki različitih sojeva iste bakterijske vrste,  te prepoznavanje uskog srodstva sojeva izdvojenih iz iste epizootije ili lanca širenja. Dobro poznavanje epizootioloških  osobitosti bakterija otvara nove mogućnosti kontrole i prevencije bakterijskih infekcija u peradi koji danas predstavljaju znatan problem u svjetskoj peradarskoj proizvodnji. Tako novija saznanja u epidemiologiji salmonela ukazuju na sve veću potrebu uvođenja fagotipizacije i molekularnih metoda u sljedeće razdoblju rada laboratorija. Na temelju takvih istraživanja uz stalnu tipizaciju i subtipizaciju izolata bit će moguće otkriti pojavnost, promjene u pojavnosti određenih genotipova (klonova) iste bakterijske vrste, puteva njihova širenja i njihovo preživljavanje u prirodi.
Osnovne djelatnosti laboratorija su: dijagnostika bolesti peradi bakterijske i gljivične etiologije, identifikacija izdvojenih bakterija i gljivica na ATB identifikacijskom sistemu pomoću API nizova, određivanje osjetljivosti izdvojenih bakterija prema antibioticima disk difuzijskom metodom, određivanjem minimalnih inhibitornih koncentracija E-testom i dilucijskom metodom, serotipizacija bakterija roda Salmonella spp. i izolata bakterije E. coli te izlazak na teren po potrebi i na zahtjev kupca. Od siječnja 2009. godine laboratorij je od strane Ministarstva  poljoprovrede, ribarstva i ruralnog razvoja (MPRRR) imenovan Nacionalnim referentnim laboratorijem za salmonele u peradi. Kao Nacionalni referentni laboratorij sakuplja, pohranjuje i obavlja serotipizaciju svih dostavljenih  neserotipiziranih salmonela  izdvojenih iz peradi u ovlaštenim laboratorijima. U veljači protekle godine  laboratorij je organizirao međulaboratorijsko usporedno testiranje „Salmonella spp. u peradi“ u koje je bilo uključeno šest ovlaštenih laboratorija. Rezultati testiranja bili su zadovoljavajući. Tijekom 2010. laboratorij je sudjelovao u provođenju osnovne studije MPRRR o utvrđivanju prevelencije i otpornosti  bakterija roda Campylobacter spp. na antimikrobne pripravke u jatima tovnih pilića i utvrđivanju prevalencija bakterija Campylobacter spp. i Salmonella spp. u trupovima tovnih pilića.