Djelatnost Laboratorija vezana je uz ispitivanja i znanstvena istraživanja mikrobioloških karakteristika hrane u svrhu određivanja prisutnosti patogenih i potencijalno patogenih mikroorganizama i/ili njihovih toksina odnosno određivanja mikrobiološke ispravnosti u smislu održivosti i ispravnosti za uporabu.

Mikrobiološka ispitivanja provode se kao dio službene kontrole hrane sukladno zahtjevima nadležnih tijela RH te prema zahtjevima kupaca usluga (putem ugovorne suradnje s objektima za proizvodnju i promet hranom radi provedbe mikrobiološkog ispitivanja sirovina, površinske kontaminacije trupova životinja u klaonicama, gotovih proizvoda, radnih površina, ruku djelatnika). U svrhu pretraživanja uzoraka hrane koriste se metode i postupci kultivacije na hranjivim podlogama uz biokemijsko i serološko potvrđivanje izdvojenih bakterijskih mikroorganizama sukladno međunarodno priznatim standardima. Pored kulturelnih metoda koriste se i imunoenzimski testovi za određivanje antigena mikroorganizama ili njihovih toksina te za detekciju specifičnog BSE rizičnog materijala (tkivo mozga i leđne moždine) u svim proizvodima od mesa kao i u uzorcima izuzetim s kontaminiranih radnih površina te obriscima trupova životinja u klaonicama.

Kvaliteta laboratorijskog rada potvrđena je akreditacijom prema zahtjevima norme HRN EN ISO/IEC 17025 od strane Hrvatske akreditacijske agencije, dok znanje, stručnost i iskustvo osoblja stečeno kroz program kontinuirane edukacije i suradnju s brojnim inozemnim i domaćim institucijama i EU referentnim laboratorijima, osigurava pružanje pravovremenog odgovora na postavljene zahtjeve domaćih i stranih proizvođača.

Rješenjem Ministarstva poljoprivrede, Laboratorij je imenovan Nacionalnim Referentnim za sljedeća područja mikrobiološkog ispitivanja hrane:

·    Koagulaza pozitivni stafilokoki uključujući Staphylococcus aureus
·    Escherichia coli uključujući verotoksigene sojeve vrste E. coli
·    rod Salmonella
·    rod Campylobacter
·    rod Listeria; Listeria monocytogenes.

Pored navedenog, Laboratorij je imenovan Službenim za provođenje mikrobioloških ispitivanja radi određivanja prisutnosti i/ili broja: aerobnih mezofilnih bakterija, sulfitreducirajućih klostridija, Clostridium perfringens, Enterobacteriaceae, te drugih mikroorganizama značajnih za mikrobiološku ispravnost hrane.