Organizacija Instituta – Odjeli središnjice

Odjel za veterinarsko javno zdravstvo
·    Laboratorij za mikrobiologiju hrane
·    Laboratorij za određivanje rezidua
·    Laboratorij za mikrobiologiju hrane za životinje
·    Laboratorij za analitičku kemiju
·    Laboratorij za analizu veterinarsko medicinskih pripravaka

Odjel za bakteriologiju i parazitologiju
·    Laboratorij za bakterijske zoonoze i molekulsku dijagnostiku bakterijskih bolesti
·    Laboratorij za opću bakteriologiju i mikologiju
·    Laboratorij za mastitise i kakvoću sirovog mlijeka
·    Laboratorij za parazitologiju
·    Laboratorij za pripremu hranjivih podloga i sterilizaciju

Odjel za virologiju
·    Laboratorij za dijagnostiku klasične svinjske kuge, molekularnu virologiju i genetiku
·    Laboratorij za dijagnostiku bjesnoće i opću virologiju
·    Laboratorij za serološku dijagnostiku virusnih bolesti

Odjel za patološku morfologiju sastoji se od slijedećih laboratorija:
·    Laboratorij za opću patologiju
·    Laboratorij za patologiju preživača i transmisivne spongiformne encefalopatije
·    Laboratorij za patologiju riba

Opći odjel:
·    Računovodstvo
·    Nabava
·    Ured ravnatelja Hrvatskog veterinarskog instituta
·    Tajnik Hrvatskog veterinarskog instituta
·    Ured za prijem i kontrolu uzoraka
·    Ured za informacijske tehnologije